L'origine de la maison remonte à la Conquête, où Aegon le Conquérant est venu de Peyredragon pour conquérir tous Westeros. Il a donné Accalmie à Orys Baratheon, qui a tué le dernier roi de l'Orage, Argilac l'Arrogant lors du Dernier Orage, en guise de remerciement. Les Baratheon descendent des Roi de l'Orage, après qu'Orys est épousé la fille d'Argilac, Argella Durrandon. Orys a pris le blason et la devise de la maison ancestrale de sa femme.

Le soutien des Baratheon aux Targaryen a d'abord été remarquable. Ser Raymont est devenu frère juré de la Garde Royale, a sauvé la vie du roi Aenys I Targaryen pendant la Guerre de la Foi.

Au cours de la Danse des Dragons, lord Borros Baratheon soutena Aegon II Targaryen et les Verts en dépit de son défunt père, lord Boremund, qui soutenait le côté des Noirs, qui avait de bonnes relations avec Rhaenys Targaryen, la fille de Jocelyn Baratheon. Il est également connu que l'une des filles de lord Borros aurait été promise à Aemond Un-Œil.

Au cours de la Rébellion Feunoyr, Les Baratheon sont resté fidèle à la dynastie de la maison Targaryen, en fournissant un grand nombre de forces dirigées par le prince Baelor Targaryen dans la décisive Bataille du champ d'Herberouge. La princesse Rhaelle Targaryen, fille de Aegon V, a épousé un Baratheon et était la mère de lord Steffon Baratheon.

Le sort de la Maison Baratheon a changé lorsque le prince Rhaegar Targaryen héritier du Trône de Fer, a enlevé Lyanna Stark, qui était promise à Robert Baratheon. Cela a conduit à une rébellion contre les Targaryen connu comme étant la guerre de l'Usurpateur, avec le soutien décisif des Arryn, des Stark et des Tully. Après une année de guerre, le prince Rhaegar a été tué lors de la Bataille du Trident et lord Tywin Lannister se rendit à Port-Réal. Robert Baratheon s'est proclamé roi des Sept Couronnes, s'installe à Port-Réal. Il a nomma son frère Stannis, sire de Peyredragon, la maison ancestrale des Targaryen et son frère Renly, sire d'Accalmie. Pour obtenir le soutien de la maison Lannister, le roi Robert épousa Cersei Lannister. Peu de temps après Renly est atteint l'âge, Robert lui donna une place dans le Conseil restreint et lui a donné le titre de Maître des lois.